flowchart LR
subgraph B3["Bài 3 · Lây truyền trong ICU"]
IN["Nhập viện<br/>(một phần mang CRE)"] --> U["Chưa mang CRE"]
IN --> C["Mang CRE"]
U -->|"lây truyền"| C
C -->|"sàng lọc + PNTX"| CD["Đã phát hiện,<br/>lây ít hơn"]
end
subgraph B4["Bài 4 · Áp lực chọn lọc"]
ABX["Dùng carbapenem"] -->|"dọn chủng nhạy"| C
end
subgraph B12["Bài 1-2 · Gánh nặng mỗi ca"]
INF["Nhiễm khuẩn CRE"] --> LOS["Ngày nằm viện tăng thêm"]
INF --> DEATH["Tử vong tăng thêm"]
end
C -->|"tiến triển"| INF
subgraph B5["Bài 5 · Đánh giá kinh tế"]
CEA["Chi phí, QALY, ICER, NMB, PSA"]
end
LOS --> CEA
DEATH --> CEA
CD -->|"chi phí xét nghiệm, PNTX"| CEA
M06 · Kinh tế học kháng kháng sinh (AMR)
Gánh nặng, thời gian nằm viện, lây truyền trong bệnh viện, áp lực chọn lọc và đánh giá kinh tế các can thiệp
Vì sao bạn nên quan tâm?
Ở các khoa hồi sức tích cực của Bệnh viện Trung ương Quân đội 108, cứ 100 người bệnh nhập ICU thì khoảng 31 người đã mang CRE, và đến lúc rời ICU con số đó là 85 (Toàn và c.s. 2024). Một ngày điều trị nhiễm khuẩn CRE bằng colistin phối hợp meropenem tốn khoảng 3.96 triệu VNĐ theo giá trúng thầu, bằng 75% lương tối thiểu một tháng ở vùng I. Module này giúp bạn tính CRE tốn của bệnh viện bao nhiêu, nó lan trong ICU ra sao, và nên chi tiền vào sàng lọc, phòng ngừa tiếp xúc hay quản lý sử dụng kháng sinh.
Tổng quan
Kháng kháng sinh (AMR) khác các bệnh truyền nhiễm khác ở ba điểm. Gánh nặng của nó phụ thuộc vào câu hỏi “so với điều gì”. Chi phí của nó nằm ở những ngày nằm viện kéo dài, vốn rất dễ bị ước tính sai, và ở kháng sinh dự trữ đắt tiền. Và mỗi lần dùng kháng sinh hôm nay đều ảnh hưởng đến người bệnh ngày mai. Module này đi qua cả ba điểm bằng một ví dụ xuyên suốt: Enterobacterales kháng carbapenem (carbapenem-resistant Enterobacterales, CRE) tại khoa hồi sức của một bệnh viện hạng đặc biệt ở Việt Nam. Bạn sẽ tính gánh nặng theo hai kịch bản phản thực, sửa sai lệch phụ thuộc thời gian bằng mô hình đa trạng thái, xây mô hình lây truyền tất định và ngẫu nhiên cho một ICU, mô phỏng cạnh tranh giữa chủng nhạy và chủng kháng dưới áp lực chọn lọc, rồi đánh giá kinh tế các chiến lược sàng lọc, phòng ngừa tiếp xúc (contact precautions, PNTX) và quản lý sử dụng kháng sinh. Mọi mô hình được viết từ đầu bằng R cơ bản. Số liệu lấy từ nguồn Việt Nam khi có (giá dịch vụ BHYT, giá trúng thầu thuốc, điều tra các ICU người lớn, khảo sát toàn quốc về vi khuẩn kháng carbapenem); phần còn lại là giá trị minh họa và được ghi rõ. Về thuật ngữ: “chủng nhạy” là chủng nhạy cảm và “kháng” là đề kháng.
Mục tiêu học tập
Sau module này, bạn có thể:
- Phân biệt gánh nặng liên quan và gánh nặng quy thuộc của AMR, và chọn kịch bản phản thực phù hợp với từng loại can thiệp.
- Ước tính số ngày nằm viện và chi phí tăng thêm do nhiễm khuẩn bệnh viện mà không mắc sai lệch phụ thuộc thời gian.
- Xây và kiểm tra mô hình lây truyền CRE trong một khoa, ở dạng tất định (
deSolve) và ngẫu nhiên (thuật toán Gillespie). - Dùng mô hình hai chủng để giải thích áp lực chọn lọc của kháng sinh và đánh giá một kịch bản quản lý sử dụng kháng sinh.
- Thực hiện một phân tích chi phí-hiệu quả đầy đủ cho can thiệp chống AMR, gồm đường biên hiệu quả, định giá kháng thuốc tương lai và phân tích độ nhạy xác suất.
Kiến thức cần có
- M00: R cơ bản, data frame,
ggplot2, mô phỏng ngẫu nhiên vàset.seed(). - M01: ICER, NMB, lấn át tuyệt đối và lấn át mở rộng, ngưỡng chi phí-hiệu quả.
- M02: tỷ suất, xác suất và nguy cơ tức thời; nguy cơ cạnh tranh; chiết khấu.
- M05: mô hình ngăn, hệ số lây nhiễm cơ bản R0, giải hệ phương trình vi phân bằng
deSolve. - M03 (nên học trước Bài 5): phân phối cho PSA, mặt phẳng chi phí-hiệu quả, CEAC.
Ví dụ xuyên suốt
Một bệnh viện hạng đặc biệt, như Bạch Mai, Chợ Rẫy hay Trung ương Quân đội 108 (VOV 2023), có một khoa hồi sức người lớn 20 giường, đúng quy mô trung vị của các ICU người lớn ở Việt Nam trong điều tra 2012–2013, với thời gian nằm ICU trung bình khoảng 6.4 ngày (Phu và c.s. 2016). Khoảng 31% người bệnh mang CRE ngay khi nhập ICU (Toàn và c.s. 2024), và tỷ lệ mang tăng nhanh theo số ngày nằm viện (Tran và c.s. 2019). Ngày giường và xét nghiệm được tính theo giá dịch vụ BHYT (Bộ Y tế 2024), kháng sinh theo giá trúng thầu; ở 40% bệnh viện trong khảo sát toàn quốc, kinh phí kiểm soát nhiễm khuẩn có nguồn từ bảo hiểm y tế (Larsson và c.s. 2025). Ban giám đốc đặt bốn câu hỏi. CRE đang gây gánh nặng bao nhiêu cho bệnh viện (Bài 1, 2)? CRE lan trong ICU như thế nào, và sàng lọc kèm phòng ngừa tiếp xúc làm được gì (Bài 3)? Giảm dùng carbapenem có làm giảm CRE không (Bài 4)? Và nên đầu tư vào chiến lược nào (Bài 5)?
Bản đồ bài học
| Bài | Tệp | Câu hỏi chính | Mô hình và kỹ năng R | Hình chính |
|---|---|---|---|---|
| 1 | l01-amr-burden.qmd |
CRE gây gánh nặng bao nhiêu, so với điều gì? | Ngoại ứng; gánh nặng liên quan và quy thuộc; binom.test() |
figs/l01-counterfactuals.png |
| 2 | l02-attributable-los.qmd |
Mỗi ca CRE làm nằm viện thêm bao lâu, tốn bao nhiêu? | Mô hình đa trạng thái; hai đối chứng; mô phỏng; bootstrap; Cox với biến phụ thuộc thời gian | figs/l02-time-dependent-bias.png |
| 3 | l03-ward-transmission.qmd |
CRE lan trong ICU thế nào; sàng lọc làm được gì? | Mô hình ngăn với deSolve; thuật toán Gillespie |
figs/l03-det-vs-stoch.png |
| 4 | l04-two-strain-selection.qmd |
Dùng carbapenem ảnh hưởng đến CRE ra sao? | Mô hình hai chủng; R0; ngưỡng chọn lọc; uniroot() |
figs/l04-selection.png |
| 5 | l05-amr-intervention-ee.qmd |
Nên đầu tư vào chiến lược nào? | CEA ba chiến lược; độ đặc hiệu và phát hiện lâm sàng; ba kênh kháng thuốc tương lai; đường biên hiệu quả; PSA; CEAC | figs/l05-ceac.png |
Mã nguồn: các hàm nằm trong code/model.R (chỉ định nghĩa, không chạy gì khi được nạp); mỗi bài có một tệp code/lNN-*.R chạy độc lập từ thư mục module, ví dụ Rscript code/l03-ward-transmission.R.
Bảng tham số
Tham số riêng của module nằm trong các tệp params/*.csv. Các giá trị dùng chung của khóa học (giá dịch vụ BHYT, giá thuốc, ngưỡng chi phí-hiệu quả, tỷ lệ chiết khấu, tỷ giá, lương) được đọc từ kb/_shared bằng read_all_params() và in ở bảng cuối; giá thuốc được đưa về năm giá 2025 bằng chỉ số giá tiêu dùng. Cột “Nguồn” ghi tài liệu đã kiểm chứng, hoặc “giá trị minh họa” khi không tìm được số liệu công khai. Với tham số có nguồn mà khoảng thấp-cao do chúng tôi đặt, cột “Nguồn” ghi thêm “khoảng: minh họa”. Dấu “≈” trong ghi chú của tệp CSV đánh dấu một số công khai gần đúng.
Số liệu từ tài liệu (dùng trong lời giảng) (params/context.csv)
| Tên | Mô tả | Giá trị | Thấp | Cao | Đơn vị | Nguồn |
|---|---|---|---|---|---|---|
gram2019_assoc_deaths |
Số tử vong toàn cầu liên quan đến AMR do vi khuẩn, năm 2019 | 4,950,000 | 3,620,000 | 6,570,000 | ca tử vong/năm | (Antimicrobial Resistance Collaborators 2022) |
gram2019_attr_deaths |
Số tử vong toàn cầu quy thuộc AMR do vi khuẩn, năm 2019 | 1,270,000 | 911,000 | 1,710,000 | ca tử vong/năm | (Antimicrobial Resistance Collaborators 2022) |
gram2021_assoc_deaths |
Số tử vong toàn cầu liên quan đến AMR do vi khuẩn, năm 2021 | 4,710,000 | 4,230,000 | 5,190,000 | ca tử vong/năm | (GBD 2021 Antimicrobial Resistance Collaborators 2024) |
gram2021_attr_deaths |
Số tử vong toàn cầu quy thuộc AMR do vi khuẩn, năm 2021 | 1,140,000 | 1,000,000 | 1,280,000 | ca tử vong/năm | (GBD 2021 Antimicrobial Resistance Collaborators 2024) |
stew_xlos_r_none |
Ngày nằm viện tăng thêm (đã điều chỉnh): nhiễm khuẩn huyết do Enterobacteriaceae kháng cephalosporin thế hệ 3 so với không nhiễm khuẩn huyết | 9.3 | 9.2 | 9.4 | ngày | (Stewardson và c.s. 2016) |
stew_xlos_s_none |
Ngày nằm viện tăng thêm (đã điều chỉnh): nhiễm khuẩn huyết do Enterobacteriaceae nhạy cephalosporin thế hệ 3 so với không nhiễm khuẩn huyết | 5.9 | 5.8 | 5.9 | ngày | (Stewardson và c.s. 2016) |
stew_xlos_r_s |
Ngày nằm viện tăng thêm (đã điều chỉnh): chủng kháng so với chủng nhạy cephalosporin thế hệ 3 | 4.9 | 1.1 | 8.7 | ngày | (Stewardson và c.s. 2016) |
stew_xlos_r_none_unadj |
Ngày nằm viện tăng thêm (chưa điều chỉnh): kháng cephalosporin thế hệ 3 so với không nhiễm khuẩn huyết | 7.91 | 6.66 | 9.16 | ngày | (Stewardson và c.s. 2016) |
stew_xlos_s_none_unadj |
Ngày nằm viện tăng thêm (chưa điều chỉnh): nhạy cephalosporin thế hệ 3 so với không nhiễm khuẩn huyết | 4.36 | 3.91 | 4.81 | ngày | (Stewardson và c.s. 2016) |
stew_xlos_r_s_unadj |
Ngày nằm viện tăng thêm (chưa điều chỉnh): chủng kháng so với chủng nhạy cephalosporin thế hệ 3 | 3.53 | 2.08 | 4.98 | ngày | (Stewardson và c.s. 2016) |
falagas_attr_min |
Chênh lệch tỷ lệ tử vong (kháng trừ nhạy carbapenem), giá trị nhỏ nhất trong 7 nghiên cứu | 0.26 | điểm phần trăm (dạng tỷ lệ) | (Falagas và c.s. 2014) | ||
falagas_attr_max |
Chênh lệch tỷ lệ tử vong (kháng trừ nhạy carbapenem), giá trị lớn nhất trong 7 nghiên cứu | 0.44 | điểm phần trăm (dạng tỷ lệ) | (Falagas và c.s. 2014) | ||
falagas_attr_neg_min |
Chênh lệch tỷ lệ tử vong (kháng trừ nhạy carbapenem), giá trị thấp nhất trong 2 nghiên cứu còn lại | -0.04 | điểm phần trăm (dạng tỷ lệ) | (Falagas và c.s. 2014) | ||
falagas_attr_neg_max |
Chênh lệch tỷ lệ tử vong (kháng trừ nhạy carbapenem), giá trị cao nhất trong 2 nghiên cứu còn lại | -0.03 | điểm phần trăm (dạng tỷ lệ) | (Falagas và c.s. 2014) | ||
falagas_rr |
Tỷ số nguy cơ tử vong gộp: nhiễm khuẩn kháng so với nhạy carbapenem | 2.05 | 1.56 | 2.69 | tỷ số nguy cơ | (Falagas và c.s. 2014) |
phu_icu_cost_cr |
Chi phí ICU (trung vị) của viêm hô hấp liên quan thở máy do Gram âm kháng carbapenem (A. baumannii, K. pneumoniae, P. aeruginosa; không riêng CRE) | 6,053 | 3,806 | 7,824 | USD (năm giá không nêu) | (Phu và c.s. 2017) |
phu_icu_cost_cs |
Chi phí ICU (trung vị) của viêm hô hấp liên quan thở máy do Gram âm nhạy carbapenem (cùng ba nhóm vi khuẩn) | 3,131 | 2,108 | 7,551 | USD (năm giá không nêu) | (Phu và c.s. 2017) |
vinares_kp_imi_r |
Số chủng K. pneumoniae kháng imipenem, VINARES 2012-2013 | 242 | chủng | (Vu và c.s. 2019) | ||
vinares_kp_n |
Số chủng K. pneumoniae được thử imipenem, VINARES 2012-2013 | 1,526 | chủng | (Vu và c.s. 2019) | ||
vinares_ec_imi_r |
Số chủng E. coli kháng imipenem, VINARES 2012-2013 | 180 | chủng | (Vu và c.s. 2019) | ||
vinares_ec_n |
Số chủng E. coli được thử imipenem, VINARES 2012-2013 | 2,977 | chủng | (Vu và c.s. 2019) | ||
vinares_ddd_total |
Lượng kháng sinh tiêu thụ trung bình của các bệnh viện VINARES 2012-2013 | 918 | DDD/1000 ngày-người bệnh | (Vu và c.s. 2019) | ||
vinares_ddd_3gc |
Lượng cephalosporin thế hệ 3 tiêu thụ, VINARES 2012-2013 | 223 | DDD/1000 ngày-người bệnh | (Vu và c.s. 2019) | ||
garpvall_adm_pos |
Số người bệnh mang CRE khi nhập ICU nhi (sàng lọc lúc nhập viện) | 337 | người | (Garpvall và c.s. 2021) | ||
garpvall_adm_n |
Số người bệnh được sàng lọc CRE khi nhập ICU nhi | 941 | người | (Garpvall và c.s. 2021) | ||
garpvall_n_neg |
Số người bệnh âm tính CRE khi nhập viện và được sàng lọc hơn hai lần (mẫu dùng để so sánh mắc phải với không mắc phải) | 244 | người | (Garpvall và c.s. 2021) | ||
garpvall_los_acq |
Tổng thời gian nằm viện của người mắc phải CRE (định cư CRE trong lúc nằm viện) | 3.26 | tuần | (Garpvall và c.s. 2021) | ||
garpvall_los_noacq |
Tổng thời gian nằm viện của người không mắc phải CRE | 2.37 | tuần | (Garpvall và c.s. 2021) | ||
garpvall_cost_acq |
Tổng chi phí điều trị của người mắc phải CRE (định cư trong lúc nằm viện) | 2,852 | USD (năm giá không nêu) | (Garpvall và c.s. 2021) | ||
garpvall_cost_noacq |
Tổng chi phí điều trị của người không mắc phải CRE | 2,295 | USD (năm giá không nêu) | (Garpvall và c.s. 2021) | ||
garpvall_hai_acq |
Tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện xác nhận bằng nuôi cấy ở người mắc phải CRE | 0.14 | tỷ lệ | (Garpvall và c.s. 2021) | ||
garpvall_hai_noacq |
Tỷ lệ nhiễm khuẩn bệnh viện xác nhận bằng nuôi cấy ở người không mắc phải CRE | 0.02 | tỷ lệ | (Garpvall và c.s. 2021) | ||
shrestha_su_min_usd |
Chi phí AMR trên mỗi đơn vị chuẩn kháng sinh, bối cảnh Thái Lan, nhóm thấp nhất | 0.1 | USD/SU (năm giá không nêu) | (Shrestha và c.s. 2018) | ||
shrestha_su_max_usd |
Chi phí AMR trên mỗi đơn vị chuẩn kháng sinh, bối cảnh Thái Lan, nhóm cao nhất | 0.7 | USD/SU (năm giá không nêu) | (Shrestha và c.s. 2018) | ||
shrestha_carb_us_usd |
Chi phí AMR trên mỗi đơn vị chuẩn carbapenem, bối cảnh Mỹ | 0.1 | USD/SU (năm giá không nêu) | (Shrestha và c.s. 2018) | ||
larsson_n_hosp |
Số bệnh viện tham gia khảo sát toàn quốc về vi khuẩn Gram âm kháng carbapenem | 324 | bệnh viện | (Larsson và c.s. 2025) | ||
larsson_kp_cre |
Tỷ lệ kháng carbapenem trong các chủng K. pneumoniae được báo cáo, khảo sát toàn quốc | 0.37 | tỷ lệ | (Larsson và c.s. 2025) | ||
larsson_ec_cre |
Tỷ lệ kháng carbapenem trong các chủng E. coli được báo cáo, khảo sát toàn quốc | 0.11 | tỷ lệ | (Larsson và c.s. 2025) | ||
larsson_mort_cre |
Tỷ lệ tử vong thô của nhiễm khuẩn CRE, khảo sát toàn quốc | 0.317 | tỷ lệ | (Larsson và c.s. 2025) | ||
larsson_mort_cse |
Tỷ lệ tử vong thô của nhiễm khuẩn Enterobacterales nhạy carbapenem, khảo sát toàn quốc | 0.202 | tỷ lệ | (Larsson và c.s. 2025) | ||
larsson_los_cre |
Thời gian nằm viện trung bình của người nhiễm khuẩn CRE, khảo sát toàn quốc | 10.4 | ngày | (Larsson và c.s. 2025) | ||
larsson_los_cse |
Thời gian nằm viện trung bình của người nhiễm khuẩn Enterobacterales nhạy carbapenem, khảo sát toàn quốc | 8.9 | ngày | (Larsson và c.s. 2025) | ||
larsson_cost_cre |
Chi phí của người nhiễm khuẩn CRE, khảo sát toàn quốc (số trong tóm tắt) | 1,025 | đơn vị và năm giá không nêu | (Larsson và c.s. 2025) | ||
larsson_cost_cse |
Chi phí của người nhiễm khuẩn Enterobacterales nhạy carbapenem, khảo sát toàn quốc (số trong tóm tắt) | 773 | đơn vị và năm giá không nêu | (Larsson và c.s. 2025) | ||
larsson_ipc_screen |
Tỷ lệ bệnh viện báo cáo có giám sát CRE | 0.41 | tỷ lệ | (Larsson và c.s. 2025) | ||
larsson_ipc_isolation |
Tỷ lệ bệnh viện báo cáo có cách ly người bệnh CRE | 0.36 | tỷ lệ | (Larsson và c.s. 2025) | ||
larsson_ipc_bhyt |
Tỷ lệ bệnh viện báo cáo kinh phí kiểm soát nhiễm khuẩn đến từ bảo hiểm y tế | 0.4 | tỷ lệ | (Larsson và c.s. 2025) | ||
phu2016_carb_rx |
Số lượt kê carbapenem trong các điều tra cắt ngang tại 15 ICU người lớn | 786 | lượt kê | (Phu và c.s. 2016) | ||
phu2016_n |
Số người bệnh trong các điều tra cắt ngang tại 15 ICU người lớn | 3,287 | người bệnh | (Phu và c.s. 2016) | ||
phu2016_hai |
Tỷ lệ hiện mắc nhiễm khuẩn bệnh viện trong 15 ICU người lớn | 0.295 | tỷ lệ | (Phu và c.s. 2016) |
Gánh nặng và chi phí đơn vị (Bài 1, 2, 5) (params/burden.csv)
| Tên | Mô tả | Giá trị | Thấp | Cao | Đơn vị | Nguồn |
|---|---|---|---|---|---|---|
n_inf_cre |
Số ca nhiễm khuẩn CRE mắc tại bệnh viện mỗi năm (một bệnh viện hạng đặc biệt có nhiều khoa hồi sức) | 300 | 150 | 600 | ca/năm | giá trị minh họa |
share_excess_icu |
Tỷ lệ ngày nằm viện tăng thêm của một ca nhiễm khuẩn CRE diễn ra trong ICU | 0.5 | 0.3 | 0.7 | tỷ lệ | giá trị minh họa |
dur_abx |
Số ngày điều trị kháng sinh cho một đợt nhiễm khuẩn | 14 | 10 | 21 | ngày | giá trị minh họa |
age_icu |
Tuổi của người bệnh ICU (trung vị) | 61 | 45 | 77 | năm | (Phu và c.s. 2016) |
hr_post_icu |
Tỷ số tử vong của người sống sót sau hồi sức so với dân số cùng tuổi | 2 | 1.2 | 3.5 | tỷ số (nhân với tỷ suất tử vong nền) | giá trị minh họa |
dur_course |
Số ngày của một liệu trình carbapenem theo kinh nghiệm | 7 | 5 | 10 | ngày | giá trị minh họa |
c_amr_su_usd |
Chi phí ngoại ứng do kháng thuốc trên mỗi SU kháng sinh | 0.4 | 0.1 | 0.7 | USD/SU (năm giá không nêu) | (Shrestha và c.s. 2018) |
Mô phỏng thời gian nằm viện và nguy cơ tức thời (Bài 1, 2, 5) (params/los_sim.csv)
| Tên | Mô tả | Giá trị | Thấp | Cao | Đơn vị | Nguồn |
|---|---|---|---|---|---|---|
n_cohort |
Số lượt nhập viện của đoàn hệ mô phỏng (cũng là cỡ mẫu giả định đằng sau các nguy cơ trong PSA) | 20,000 | lượt nhập viện | giá trị minh họa | ||
h_inf_s |
Nguy cơ tức thời mắc nhiễm khuẩn nhạy carbapenem (CSE) tại viện | 0.004 | mỗi ngày | giá trị minh họa | ||
h_inf_r |
Nguy cơ tức thời mắc nhiễm khuẩn CRE tại viện | 0.003 | mỗi ngày | giá trị minh họa | ||
h_dis_0 |
Nguy cơ tức thời ra viện còn sống khi chưa nhiễm khuẩn | 0.1 | mỗi ngày | giá trị minh họa | ||
h_dth_0 |
Nguy cơ tức thời tử vong khi chưa nhiễm khuẩn | 0.008 | mỗi ngày | giá trị minh họa | ||
h_dis_s |
Nguy cơ tức thời ra viện còn sống sau nhiễm khuẩn CSE | 0.05586 | mỗi ngày | giá trị minh họa | ||
h_dth_s |
Nguy cơ tức thời tử vong sau nhiễm khuẩn CSE | 0.01414 | mỗi ngày | (Larsson và c.s. 2025) | ||
h_dis_r |
Nguy cơ tức thời ra viện còn sống sau nhiễm khuẩn CRE | 0.041 | mỗi ngày | giá trị minh họa | ||
h_dth_r |
Nguy cơ tức thời tử vong sau nhiễm khuẩn CRE | 0.019 | mỗi ngày | (Larsson và c.s. 2025) | ||
max_follow |
Thời gian theo dõi tối đa (kiểm duyệt hành chính) | 90 | ngày | giá trị minh họa |
Mô hình lây truyền trong ICU (Bài 3, 5) (params/ward.csv)
| Tên | Mô tả | Giá trị | Thấp | Cao | Đơn vị | Nguồn |
|---|---|---|---|---|---|---|
n_beds |
Số giường của khoa hồi sức (ICU) | 20 | 18 | 31 | giường | (Phu và c.s. 2016) |
los_icu |
Thời gian nằm ICU trung bình | 6.4 | 4.8 | 9.3 | ngày | (Phu và c.s. 2016) |
phi_adm |
Tỷ lệ mang CRE khi nhập ICU | 0.308 | 0.2 | 0.4 | tỷ lệ | (Toàn và c.s. 2024); khoảng: minh họa |
toan_prev_discharge |
Tỷ lệ mang CRE khi ra khỏi ICU, trước can thiệp | 0.849 | tỷ lệ | (Toàn và c.s. 2024) | ||
toan_prev_discharge_post |
Tỷ lệ mang CRE khi ra khỏi ICU, sau can thiệp (vệ sinh tay, sàng lọc chủ động, cách ly) | 0.525 | tỷ lệ | (Toàn và c.s. 2024) | ||
toan_time_acq |
Thời gian đến khi mắc phải CRE trong ICU, trước can thiệp | 10 | 9 | 12 | ngày | (Toàn và c.s. 2024) |
tran_day |
Ngày nằm viện của điểm số liệu Tran 2019 | 15 | ngày | (Tran và c.s. 2019) | ||
tran_prev_d15 |
Tỷ lệ mang CRE ở ngày nằm viện thứ 15 (12 bệnh viện, nhiều loại khoa) | 0.89 | tỷ lệ | (Tran và c.s. 2019) | ||
tran_prev_adm |
Tỷ lệ mang CRE ngày nhập viện (12 bệnh viện, nhiều loại khoa) | 0.13 | tỷ lệ | (Tran và c.s. 2019) | ||
beta_tx |
Hệ số lây truyền CRE (mỗi người mang, mỗi ngày, trong khoa chưa ai mang) | 0.65 | 0.45 | 0.85 | mỗi ngày | giá trị minh họa |
eps_cp |
Mức giảm lây truyền từ người mang CRE đã phát hiện nhờ phòng ngừa tiếp xúc | 0.5 | 0.3 | 0.7 | tỷ lệ | giá trị minh họa |
p_clin_cp |
Tỷ lệ người mang CRE bị nhiễm khuẩn được nhận diện trên lâm sàng và đặt PNTX ngay (ở mọi chiến lược) | 0.8 | 0.6 | 0.95 | tỷ lệ | giá trị minh họa |
se_culture |
Độ nhạy của nuôi cấy phết trực tràng tìm CRE | 0.8 | 0.65 | 0.9 | tỷ lệ | giá trị minh họa |
sp_culture |
Độ đặc hiệu của nuôi cấy phết trực tràng tìm CRE | 0.98 | 0.95 | 0.995 | tỷ lệ | giá trị minh họa |
se_pcr |
Độ nhạy của PCR nhanh (kiểu Xpert Carba-R) trên phết trực tràng | 0.91 | 0.72 | 0.97 | tỷ lệ | (Bai, Liu, và Wang 2024) |
sp_pcr |
Độ đặc hiệu của PCR nhanh (kiểu Xpert Carba-R) trên phết trực tràng | 0.99 | 0.96 | 1 | tỷ lệ | (Bai, Liu, và Wang 2024) |
delay_culture |
Thời gian trả kết quả nuôi cấy | 3 | 2 | 4 | ngày | giá trị minh họa |
delay_pcr |
Thời gian trả kết quả PCR nhanh | 1 | ngày | giá trị minh họa | ||
screen_interval |
Khoảng cách giữa hai lần sàng lọc lặp lại ở người chưa phát hiện mang CRE | 7 | ngày | giá trị minh họa | ||
phi_trend_year |
Mức tăng hằng năm của tỷ lệ mang CRE khi nhập viện trong kịch bản kháng thuốc gia tăng | 0.03 | 0 | 0.06 | điểm phần trăm (dạng tỷ lệ) mỗi năm | giá trị minh họa |
phi_low |
Tỷ lệ mang vi khuẩn kháng carbapenem khi nhập viện, kịch bản bệnh viện tuyến huyện | 0.027 | tỷ lệ | (Doshi và c.s. 2026) | ||
beta_low |
Hệ số lây truyền, kịch bản bệnh viện tuyến huyện | 0.1 | mỗi ngày | giá trị minh họa |
Mô hình hai chủng (Bài 4) (params/twostrain.csv)
| Tên | Mô tả | Giá trị | Thấp | Cao | Đơn vị | Nguồn |
|---|---|---|---|---|---|---|
fit_cost |
Chi phí thích nghi của chủng kháng (mức giảm khả năng lây so với chủng nhạy) | 0.15 | 0.05 | 0.3 | tỷ lệ | giá trị minh họa |
gamma_clear |
Tỷ suất tự hết mang khuẩn | 0.02 | mỗi ngày | giá trị minh họa | ||
k_abx |
Tỷ suất loại bỏ chủng nhạy khi đang dùng carbapenem | 0.5 | mỗi ngày dùng thuốc | giá trị minh họa | ||
f_abx |
Tỷ lệ ngày-người bệnh có dùng carbapenem trong ICU | 0.239 | 0.15 | 0.45 | tỷ lệ | (Phu và c.s. 2016); khoảng: minh họa |
m_s |
Tỷ lệ mang chủng nhạy carbapenem khi nhập viện | 0.2 | tỷ lệ | giá trị minh họa | ||
hh_reduction |
Mức giảm lây truyền của cả hai chủng nhờ vệ sinh tay | 0.2 | tỷ lệ | giá trị minh họa | ||
stew_reduction |
Mức giảm tương đối lượng carbapenem nhờ quản lý sử dụng kháng sinh | 0.3 | 0.1 | 0.5 | tỷ lệ | giá trị minh họa |
Đánh giá kinh tế (Bài 5) (params/ee.csv)
| Tên | Mô tả | Giá trị | Thấp | Cao | Đơn vị | Nguồn |
|---|---|---|---|---|---|---|
c_cp_ppe_day |
Chi phí vật tư phòng ngừa tiếp xúc (áo choàng, găng) mỗi ngày-người bệnh | 150,000 | 75,000 | 300,000 | VNĐ/ngày (2025) | giá trị minh họa |
cp_staff_min_day |
Thời gian nhân viên mặc và cởi phương tiện phòng hộ cho một người bệnh PNTX mỗi ngày | 31 | phút/ngày | (van Dijk và c.s. 2021) | ||
p_inf_col |
Xác suất nhiễm khuẩn CRE ở người mang CRE | 0.165 | 0.1 | 0.25 | tỷ lệ | (Tischendorf, de Avila, và Safdar 2016); khoảng: minh họa |
qaly_loss_inf |
QALY mất do bệnh tật ở người sống sót sau nhiễm khuẩn CRE | 0.02 | 0.01 | 0.05 | QALY | giá trị minh họa |
u_survivor |
Thỏa dụng trung bình của người sống sót sau hồi sức | 0.75 | 0.6 | 0.85 | thỏa dụng | giá trị minh họa |
horizon_days |
Thời gian triển khai chương trình trong phân tích cơ sở (QALY được tính đến hết đời người bệnh) | 365 | ngày | giá trị minh họa | ||
horizon_years_long |
Thời gian triển khai dài hơn cho phân tích kịch bản | 5 | năm | giá trị minh họa | ||
acq_per_discharge |
Số ca định cư mới ở nơi khác trên mỗi người mang CRE ra viện | 0.05 | 0.02 | 0.1 | ca/người ra viện | giá trị minh họa |
c_stew_year |
Chi phí chương trình quản lý sử dụng kháng sinh mỗi năm cho một ICU | 600,000,000 | 300,000,000 | 900,000,000 | VNĐ/năm (2025) | giá trị minh họa |
Gói R sử dụng
| Gói | Dùng để | Bài |
|---|---|---|
R cơ bản (stats) |
Mô phỏng, ước lượng, uniroot(), binom.test() |
Mọi bài |
ggplot2 |
Hình | Mọi bài |
deSolve |
Giải hệ phương trình vi phân | 3, 4, 5 |
survival |
Mô hình Cox với biến phụ thuộc thời gian (đi kèm R) | 2 |
etm (tùy chọn) |
Ước lượng Aalen–Johansen và hàm clos() cho bài tập 4 |
2 |
knitr |
Kéo đoạn mã từ tệp .R vào bài học |
Mọi bài |
Đọc thêm về phương pháp: mô hình đa trạng thái với gói etm (Allignol, Schumacher, và Beyersmann 2011); tổng quan về mô hình nhiễm khuẩn bệnh viện (van Kleef và c.s. 2013); khung phân loại các mô hình kháng thuốc (Spicknall và c.s. 2013).